일본 자동차의 운전석은 오른쪽에 있으며, 자동차들은 모두 좌측 통행을 한다.

JR국철과 민간철도로 운영된다. JR노선과 7개의 민간철도가 일본 대부분의 지역에 노선을 갖추고 있다. 이중 6개 회사는 홋카이도, 혼슈, 시코쿠와 규슈의 대부분의 지역에서 여객 운송을 맡고, 나머지 1개 회사는 화물 운송을 담당하고 있다. JR그룹 이외에, 지역에 따라서는 민간에 의한 사유 철도 회사, 지방 정부가 소유한 철도 회사, 지방 정부와 민간 회사가 펀드를 조성해 설립한 회사들도 존재한다. 많은 도시들은 노면 전차와 모노레일 시스템도 갖추고 있다.
신칸센은 일본의 고속 열차이다. 탄환 열차라고도 하는 이 열차는 매일 약 250편이 250㎞/h 이상의 주행 속도로 주요 도시를 연결하고 있다. 가장 빠른 신칸센은 신칸센 N700계 전동차(노조미)로 최고 속도 300㎞/h로 운용된다.

세계 2위의 상선(1976년을 기준으로 4,200만톤) 선복량을 가지고 있는 일본의 주요 항로를 보면, 요코하마·고베를 중심으로 한 국제항로와 세토나이카이, 그 밖에 연안의 여러 항구를 연결하는 연안항로가 있고, 태평양 연안의 여러 항구에 항로가 집중되어 있다.
일본 선박에 의한 국제정기항로는 30개가 넘으며, 국제항로에 의한 일본선박의 선적비율은 수출에서 약 21%, 수입에서 약 47%이다.

일본에 공항은 173개가 있다. 가장 큰 국내 공항은 도쿄 국제공항이며 이용객 기준으로 아시아에서 가장 번잡하다. 가장 규모가 큰 국제 관문으로는 나리타 국제공항(도쿄 지역), 간사이 국제공항(오사카, 고베, 교토 지역), 주부 국제공항(나고야 지역)이 있다. 여객 수송량으로 본 일본의 항공교통은 세계 5위에 올라서고 있다. 규슈에서는 모든 현에 공항이 있다. 일본항공의 간선노선으로는 도쿄~삿포로, 도쿄~오사카, 오사카~후쿠오카, 도쿄~후쿠오카, 오사카~삿포로선 등이 있다.